在多年申報高新技術(shù)企業(yè)認定工作中的經(jīng)驗，總結(jié)出企業(yè)出現(xiàn)的問題如下： 

    1、不理解、不清楚高新政策。不少企業(yè)沒有關(guān)注高新認定標準，對于標準不太了解，在準備資料的過程中，資料不完備，從而導致無法通過認定。

    2、不重視認定。部分企業(yè)在接受了一些培訓機構(gòu)的講解后，認為資料準備相對簡單，沒有系統(tǒng)的安排重新認定的準備工作、投入足夠的人力，結(jié)果認定準備混亂，資料無法體現(xiàn)企業(yè)的高新資質(zhì)，最終也無法通過認定。

    3、企業(yè)內(nèi)部工作不能夠協(xié)調(diào)。高新認定工作涉及財務(wù)、技術(shù)、人力等諸多部門，由于事前未能統(tǒng)一理解高新認定的新標準，導致部門配合不協(xié)調(diào)，資料準備不一致，拖延了申報的過程、甚至無法完成年度的申報。

    企業(yè)自身資質(zhì)欠缺的問題

    在具體高新認定條件準備中，我們發(fā)現(xiàn)企業(yè)自身資質(zhì)疑難點主要集中在以下幾個方面：

    （一）技術(shù)性指標不達標

    1.高新原領(lǐng)域無法確定

    由于新認定標準高新領(lǐng)域的調(diào)整，有的部分領(lǐng)域被刪除或簡化，同時新的領(lǐng)域在某些部分存在含糊，比如第五大類的“高技術(shù)服務(wù)業(yè)”，規(guī)定非?；\統(tǒng)。因此不少企業(yè)無法找到完全貼合企業(yè)產(chǎn)品或技術(shù)的領(lǐng)域，從而導致企業(yè)在申報時出現(xiàn)領(lǐng)域選擇不準確而無法通過評審的情況。

    2.核心自主知識產(chǎn)權(quán)缺乏

    由于中國專利保護力度仍然在完善當中，當企業(yè)擁有了行業(yè)領(lǐng)先的技術(shù)后，一般不太愿意進行公開專利申請。這就導致很多企業(yè)雖然具有符合高新領(lǐng)域的技術(shù)或產(chǎn)品，其相應(yīng)的技術(shù)等也的確達到國內(nèi)甚至國際領(lǐng)先水平，但礙于專利未申請的限制，依然無法達到高新認定的要求。

    3.項目歸集困難

    很多企業(yè)在進行項目歸集時不能很好的描繪出符合高新領(lǐng)域的要素，導致研發(fā)項目不被評審專家所認可，從而使得該項目相關(guān)的費用等被扣除出研發(fā)費用，進而讓企業(yè)出現(xiàn)研發(fā)費用達不到比例的境況。

    （二）財務(wù)性指標不足

    1.研發(fā)費用

    對于研發(fā)費用歸集，財稅【2006 】88 號文，財企【2007 】194 號文均有相關(guān)規(guī)定，而新工作指引最終設(shè)定的研發(fā)費用核算范圍與會計 準則并不一致，企業(yè)在進行費用歸集的時候存在障礙，甚至不少進行專項審計的中介機構(gòu)在前期也無法明確研發(fā)費用的歸集，這在很大程度上拖延了企業(yè)的高新申報 進程。

    2.高新收入

    企業(yè)高新產(chǎn)品的收入一般容易核算。但一些從事高新技術(shù)服務(wù)的企業(yè)則存在問題，由于原有管理的缺失，許多企業(yè)的技術(shù)服務(wù)收入并未在技術(shù)市場進行登 記，或登記的合同實際收入未滿總收入的60% 。對于這一情況，在2008 年度的新認定工作中，各地機構(gòu)把握的尺度并不統(tǒng)一。以北京為例，科委要求該類 企業(yè)在高新申報時必須提供登記合同，而其他很多地方則并沒有如此要求。

    （三）其他指標存在問題

     有不少企業(yè)組織管理水平欠缺。比較突出的就是許多原本就具有高新資格的企業(yè)并沒有相對完善的研發(fā)組織和管理制度，較多的采取的是粗放式管理，在 準備相關(guān)資料的時候未能較好的進行提煉整合，使得企業(yè)在此方面不能夠很好的得分。在科技與研發(fā)人員管理上，也有企業(yè)相對不完善，特別是一些科研院所轉(zhuǎn)制的 企業(yè)，院企不分，導致科技與研發(fā)人員無法確定人數(shù)。